由于太学府的成立，水镜学府也变得很尴尬，她意识到自己不再是大汉学术中心，其次是大量的朝廷资金投入，使得水镜学府再也不属于私学，司马徵也不打算再用水镜学府来命名这所学府。
刘协没有采纳司马徵的意见，他已经习惯了水镜学府的称谓，并且他不喜欢襄阳城只有一所知名学府，他安慰司马徵，告诉他水镜学府会得到更多的支持，但司马徵执意要改，他是一个执著而有自尊的老人，他不希望一个国立学府用自己名号来命名。
刘协没有办法，只能取其中一个水字，改水镜学府为长江学府，并亲自拜访司马徵，希望他能留在长江学府，将长江学府在襄阳工学院的基础上走向一所非常实用的学府，他太担心司马徵会在水镜学府改成长江学府后，司马徵会另起炉灶开一所私学。
被料中心思的司马徵没有更好的办法，只能继续留在长江学府担任总祭，并且按照刘协的意思，努力将自己的杂学发挥到极致，和襄阳学府的矜持不一样，长江学府在司马徵的喜好中，非常重的倾向了实用的理工学科，而襄阳学府则继续保持了自己在文学、艺术、医学方面的领先。
这就是刘协所需要的，两家大汉最顶尖的学府呈现不一样的色彩，而他不偏不倚的站在中间，炎黄民族需要在理工上取得长足进步，但在文化上也不能落后，襄阳学府和长江学府就是最好的发动机，他们牵引着大汉的学子走向两个巅峰。
襄阳工学院的第三部分则独立成新的襄阳理工学府，刘协并不希望襄阳工学院就此消失，一个大汉理学的种子，他有足够的理由独立发展成一棵参天大树，而金陵学府、重庆学府、长安学府和洛阳学府则依次得到小部分襄阳工学院的师资力量，成立自己的工学院和理学院。
当北方朝廷根本不构成威胁的时候，刘协让胡昭公开进行财经学的诠释和讲解，并由对财经道有更深了解的蒋琬写两本财经专著——《财经要略》、《税论》。
刘协忙里抽闲的写了两本新书——《管筹》和《组织》，但这两本书各自只有数万字，只印了三千册，在朝廷重要官员和将领之间流传。在这两本书籍中，刘协将管理学中管理和统筹两个概念提出来，将组织学的分工和组合概念提出来，虽然故意没有对此多加讨论，但还是点明朝廷管理和统筹的职能，不论是治略府，还是统帅府，或者是军队中的一个营，他们都是组织，是人按照系统的要求进行组合的结果，它就有系统的规则，即道。
同样，在刘协的引导下，襄阳理工学院的几十名学者合力完成了《草本经》、《禽释》、《兽释》和《虫释》，在《虫释》中，学者们严格区别了虫和兽之间的区别，使之不再混乱。
令刘协头痛的是物理学和化学的发展，自己也不太清楚的该怎么去引导了，他不得不承认自己是一个化学白痴，也许根本不要再去引导，他明白自己做的已经够多了，此后的事情应该依靠学者们，他能做的就是让他们有发现道的欲望，摆脱儒家守旧思想和轻视理工的困扰。
为了近一步鼓励学者的创新精神和探险精神，刘协正式将理工类也划入士子的评定范围，改学子、学士、学者、博士、大贤五级评称为学子、学士、学者、博士、院士五级评称，并制定论文制，将论文分为十二个分级，每种都有不同加分，根据总分定评称，其中尤其发现新理的论文为分最高者，而这样的论文必须得到太学府的认可才可以认定有效。郡学可以完成学子到学士的申报评审，州学可以完成学士到学者的申报评审，国立学府则可以完成学者到博士的申报评审，太学府完成院士资格的申报评审，一旦通过院士资格，即可成为中央太学府成员。
士子的年俸也进行更改，理工类士子年俸一律增长三成，尤其学者及以上级别增加五成，这样的金钱刺激正是要大规模刺激士子弃文艺转向理工，事实上效果也很明显，制度下发的第二年，各郡学报名参考理工学子的人数增长超过四成，而各地郡学中转学理工的士子多不胜数。襄阳理工学院也从最初寒门子弟集中的地方成为豪族、寒门云集的地方。
虽然大汉没有执行普及教育，但是各地县学的开展，其三年低学费学习制度还是让大量贫家弟子纷纷涌入，各地富族子弟则云集参加三年一度郡学会考，使大汉人才培养呈现两个现象。
事实上，刘协和荀彧的计划是县学三年免费，但在张昭和蒋琬的直谏下，最终还是取消了，大汉可以支撑荆州八十多县学进行县学三年免费，但无力支撑全国，并且各地农民在人少地多的情况，还是勉强可以保证一定的收入支持三年的低学费就读，实在没有学费可以直接到了年纪参加驻防军，也还有提升的机会。
由于县学的教学相对浅薄，和富族的私学相比，它所教授的还是很少，在郡学会考上，一般的寒门子弟很难考过富族子弟，对他们来说，只有极少部分能够通过县学脱颖而出，被保荐进入郡学，三成能够进入预备军，其余大部分都是进了最没有前途的驻防军。
但平心而论，相对东汉和西汉，南汉在贫民教育上已经做得非常好了，在驻防军依靠自耕自重的前提下，这些寒家子弟组成的驻防军不消耗国家财税，而且他们还有最后一些机会进入各地军院，虽然相对预备军，他们的机会少得可怜，但一整套的挑选系统遴选下来，每十名寒家子弟就有一个人可以进入郡学，每十名中有三人能够进入预备军，大约每十人中有两人拥有进入朝廷军政机构的机会。
这两个人有三成的几率成为士子，三成的几率进入低层的官僚机构，还有四成几率进入汉军体系。大约百分之一的几率进入中层的治略台级官僚机构，只有千分之一的几率进入中央的官僚机构，如果要成为三公八尚书这个层级的核心官员，他们大概只有十万分之一几率。可他们仍然有机会，也有非常大的几率在军队中寻找到不粗的位置，或者成为不错的学者，甚至院士。
这个几率并不低了，总之对他们而言，机会人人都有，就看你是否真的很聪明或很强壮。
黄河民族学府的筹备工作也由司马懿在积极进行着，这间学府将会为少数民族的富裕阶层的子弟提供进入官僚机构的机会，至于少数贫寒子弟而言，连县学都无法实现，除了参入驻防军外，等待被挑选进入预备军或者商军外，他们只能继续放牧或者农耕。
如果说，这之前刘协的行为还是没有争议的话，那之后刘协的一个行为却引发了不小的争议。
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第九卷天下云涌第二十四章西域雄狮
刘协在一系列实施受到世族广泛赞成或默认的政策，他允许襄阳医学院解剖死囚，这是一个非常引发争议的行为，即使张机也认为这种事情不应该在大汉出现，华佗和其所教授的弟子却非常支持，他们本来就和张机一派不同，他们更乐意投身外科性的医学。
反对浪潮并没有很高涨，刘协应该为自己感到幸运，他的这个决定所引发的现象比暴政时代的酷刑要人道很多，反对者集中在士大夫，尤其医道和道教之间的联系过于紧密，所以很多道教信徒也很反对，但老百姓熟视无睹，他们习惯默默承受，何况灵宝天尊降世的皇帝做什么都是上天允许的，至少他已经给百姓带来了足够的繁华。
在理工之风盛起之后，天象和地理、数学等学课也开始受到广泛的关注，襄阳理学院的院士刘烘收了两个十四岁的少年为太学府学子，曹操的儿子曹冲，周家的小室之后的周信。
如果刘协敢说自己在哲学和经济学上处于南汉的巅峰上，那是因为他在二十一世纪的经济学和哲学大学课程在起作用，但就数学而言，他所掌握的知识在刘烘面前不足一提，即使曾经学过高等数学，现在也早还给老师了。
平心而论，即使是《九章算术》这本大汉流传最广的数学专著，刘协也只能依靠现代数学基础勉强理解，而刘烘则在《九章算术》的基础上又前进了一步，他在正负数的加减法则上，确立负数永久小于无的概念，并涉及了二次方程式的研究。
仅就负数这一点，他已经站在欧洲十七世纪中叶的数学家们才达到的高度，对此，刘协深表佩服，亲自授予乌林伯爵称谓和中央太学府理学院院士资格。
刘烘之所以亲自担任曹冲和周信的老师，并不是因为他们的家室，而是襄阳郡学的推荐，两人在郡学中已经完成了《九章算术》的学习，并能够熟练掌握，这让刘烘很惊讶，亲自出了两道关于约分和一次方程组得题目，结果两个人都在盏茶时间内解答出来。
刘烘身为襄阳理工学院算术课的首席院士，少年时解答类似的两道题目也花了两天时间，对此，刘烘也不得不叹服，亲自收他们为自己的学子。
因为刘协的学者年俸制，大汉纯粹的学者开始逐步变得更有进取心，也更深入研究各科，他们不用再和以前的知识分子那样为了官职而四处奔走，他们大多数时间都聚集在学府中为学术问题展开热烈的讨论。
从事建筑水利设计和研究的学者们则奔波在大汉各地，为了新的水利工程提出各种设计方案；
从事生物学的学者们同样奔波在大汉各地，研究农、牧、渔等涉及大汉经济基础的动植物；
从事天象研究的学者也通过大鹰眼仰望苍天，刘协在金陵的紫金山和襄阳的景山都建立了超过两步的大型鹰眼，接近三米长的望远镜，虽然结构还是最简单的模式，但在制造工艺上，这已经是南汉的极限，工匠们已经没有办法制造更大的凸透琉璃镜，后面要做的就是完全净化，现在的鹰眼还是在用浅褐色琉璃镜，南汉仍然无法制造透明的琉璃出来。